底层逻辑主要侧重讲的是事物内在的逻辑关键性，侧重事物内在变化的关系。而本质则是讲事物本身的性质是什么。前者讲逻辑关联后者是对一个东西的定性和解释。比如生产力决定生产关系是社会底层逻辑，而社会的发展就是生产力的高低不同是本质。