尼罗河流域大多地处热带荒漠带，即热带沙漠气候，由信风带控制，所以全年高温少雨。

尼罗河很小一部分是地处亚热带常绿硬叶林带，即地中海气候，由信风带和西风带交替控制，所以夏季高温少雨，冬季温和湿润。综合来说，气候特征为高温少雨。