简单来说是基因突变的结果。榴莲有46，000个基因-大约是人类DNA数量的两倍之多-主要是小原始序列的重复。又根据测序发现最接近榴莲的祖先是可可树。

榴莲一直在气味方面努力进化，除了全基因组复制，还进化出了产生硫化合物的基因拷贝，以使榴莲发出这种独特的气味。简而言之，榴莲的这种臭味，是许多基因共同作用的结果。气味的进化，是为了更加吸引各种灵长类等动物的进食，比如大猩猩等。