1、种属不同。

甜菜：属于中央种子目苋科甜菜属甜菜种。

芜菁：属于罂粟目十字花科芸苔属芜菁种。

2、外形差异。

甜菜：二年生草本植物，长度20-30厘米，根茎呈圆锥形或纺锤状。

芜菁：二年生草本植物，高达100厘米，块茎肉质，球形，扁圆形或长圆形。

3、用途不同。

甜菜：制糖重要原料。

芜菁：中药原料。