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孔子的祖先本是殷商王室后裔。

周灭商后，周成王封商纣王的庶兄、商朝忠正的名臣微子启于宋，建都商丘(今河南商丘一带)。

微子启死后，其弟微仲(一作微仲衍)即位，微仲即为孔子的嫡系先祖。孔子的六代祖叫孔父嘉，是宋国的一位大夫，做过大司马，在宫廷内乱中被杀，自孔父嘉之后，其后代子孙开始以孔为姓。其曾祖父孔防叔为了逃避宋国内乱，从宋国逃到了鲁国。从此孔氏在陬邑(今山东省曲阜市)定居，变成了鲁国人