不是一回事

协查函就是国家机关给公民、法人或者其他组织下发的协助其调查某一事件的信函。 调查令是司法机关给公民、法人或者其他组织下发的定于某年月日调查取证的通知。 

协查函里指定的人员也是调查的主体，只不过是协助调查，不是被调查者而调查令指定的人员既可能要参与调查也可能是被调查的人。