1、意思不同:旗舰店是店铺的一种级别，授权店指的是品牌授权开设的专卖店。加盟店是跟授权店一样，得到品牌总部授权加盟该品牌开设的专卖店。

2、版权不同:旗舰店的主体是否是品牌方自己的。如果不是自己的，那就必须要有品牌方的授权证书。授权店也就是经销商，所谓的专卖店就应该是零售店。

3、主体不同:官方旗舰店是指品牌方自己开设的旗舰店，开店的主体也就是品牌的主体。官方授权旗舰店是指品牌方授权其他公司开设的旗舰店。