努尔哈赤时期，为上两旗，分别为正黄旗，和镶黄旗。这上两旗的旗主为努尔哈赤和大福晋阿巴亥的幼子，正黄旗旗主多铎，镶黄旗旗主为阿济格和多尔衮。

他们三人名义上领有两旗，但实际上是努尔哈赤控制。其他下六旗主分别为，正白旗旗主皇太极，镶白旗旗主杜度（努尔哈赤孙子），正蓝旗旗主莽古尔泰和德格类（一母同胞兄弟），镶蓝旗旗主为阿敏和吉尔哈朗，正红旗旗主代善，镶红旗旗主岳拖（代善的儿子）。