南通动车所位于南通火车站北约2.6公里处，建筑面积约5万平方米，走行线在南通站西端利用待机线接入车站，是一所规模很大的动车所，按照6线检修库、20条存车线以及2条人工洗车线，并预留4线检查库、16条存车线。