女主角是琴音。

琴音，年龄在10~12岁左右，是来自城都地区的新人训练家，拥有神奇宝贝图鉴和神奇宝贝齿轮，与同样出身的一成是好朋友，已获得城都地区的两个徽章。

当空木博士拜托她去住在吉花市北边的神奇宝贝爷爷那里跑一趟时，琴音的旅程开始了。考虑到她可能会在路上遇到危险的野生神奇宝贝，空木博士还送给了她一只最初的伙伴来防身。