水质干净与否与水井的深度没有多大的关系，600米深水井水是否干净首先要通过质检部门进行水质化验检测，看水里含有什么微量元素，看是否含有有害物质，如果检测付合饮用水标准那就是干净水质，否则含有一定量的有害物质就是不干净的。