金苔鼠为杂食性鱼类，幼年时可以吃藻类、干鱼食、丰年虾、水蚯蚓等食物。成年的金苔鼠就不会再吃藻类，主要吃干鱼食或者其它活饵。

金苔鼠虽然被称为鱼缸中的工作鱼，会吃水中藻类和食物残渣。但金苔鼠不会吃其它鱼类的粪便，且在食物不充足的情况下还会抢夺其它鱼类的食物。