繁殖能力不是很强，而是很麻烦，难度大。肺鱼会在雨季时繁殖产卵，母鱼在泥洞里产卵后离开，鱼卵由公鱼进行守护孵化，这个时期的公鱼会在腹鳍部位长出许多富有微血管的细长丝状突起，能将鱼体血液中的氧气通过这些丝状突起释放到水里，增加洞穴中水体的含氧量，帮助鱼卵、鱼苗呼吸。

有资料显示，肺鱼卵要经过1个月左右才能孵化，刚孵化的肺鱼苗形似蝌蚪并具有外鳃，除了东非侏儒肺鱼之外，其他3种非洲肺鱼随着鱼苗逐渐长大，外鳃会慢慢退去。