国籍不同。

无论是吉尔吉斯还是柯尔克孜都是同一个民族。但是所属国家不同。

在吉尔吉斯斯坦，这一民族称为吉尔吉斯人，吉尔吉斯斯坦公民。在中国，他们称为柯尔克孜族，是中国公民。

吉尔吉斯与柯尔克孜的区别

   吉尔吉斯，为生活在中亚国家吉尔吉斯坦的族群，吉国的主体民族。 柯尔克孜，生活在中国新疆地区的少数民族。

   这两个不同叫法的民族实际上同宗同源，只是因为各种错综复杂的原因造成了目前的居住生存状态。