主要区别在于：

第一、意思不同：愿有希望的意思，祝有祝福的意思。愿你是希望你如何如何，对未来不确定，有希望你达成愿望之意。祝你是祝福你如何如何，取得所期望的目标。

第二、应用场景不同：愿你在认识和不认识的人之间都会用到。祝你多用于有交集的人之间。