州卫生健康委负责质控中心的规划、设置、管理与考核，对全州医疗质量管理与控制工作进行监督管理。

州卫生健康委对质控中心的管理工作由医政药政与体制改革科统筹负责，其中中医（药）各专业质控中心由中医药与产业科具体负责，产前筛查质量控制中心由基层卫生与妇幼健康科具体负责，传染性疾病各专业质控中心由疾病预防控制科负责。