最后两集是讲人类补完计划实施后，关于碇真嗣的补完相关的内容。

实际上由于制作最后几集时经费不足，特别是最后两集的时候，制作的非常粗糙，所以不好理解。所以后来又出了剧场版，而剧场版一般认为是对TV版剧情的补完，算是真正的解决。而TV版最后两集看不懂也就情有可原。只要知道是碇真嗣补完的过程就可以了。