1、种属不同。

虾巴虫：是广翅目齿蛉科昆虫幼虫的俗称。

水蜈蚣：属于鞘翅目龙虱科昆虫的幼虫。

2、外形差异。

虾巴虫：体型似蚕，颜色褐色。

水蜈蚣：体型长圆形，有一对钳子似的大鄂，头扁。