市面上销售的硝化细菌主要分为两类，活性硝化细菌和人造硝化细菌。活性硝化细菌是以活体菌群作为主要物质。人造硝化细菌则是以促进水中已有硝化细菌生长的物质。

活性硝化细菌起效时间短，根据水温通常在2-5天内即可，水温在25-30度作用最为明显。但是保存时间短，通常不超过12个月。

人造硝化细菌由于不含活性菌株，保存时间长，通常在2年左右。但是起效时间较长。在建立生物系统前，可以结合使用水质澄清剂使用