为了便于将来行船采收莲子，所以深水子莲通常采取宽窄行的栽植方式进行栽植。宽行距一般为3~4米，窄行距一般为1.5~2米，行内穴距为1.5米。每穴栽植3株种藕，每株种藕具主藕和子藕各1株。

深水子莲种藕栽植时，种藕的顶芽朝向要错开，外围各穴的顶芽应朝向内，而不能朝向外栽时要先在栽植点按种藕的外形和大小等，用手、脚或工具等开好种植穴，穴深10~12厘米，然后将种藕栽入穴中，要使种藕的顶端要略向下倾斜，尾部稍上翘