碱基相对于糖而言，是疏水基团，相对于脂质，是亲水基团。

脂质分子的双嗜性就是双亲性，既有亲水的头部，又有疏水的尾部。

所以碱基堆积力是因为碱基的疏水性而紧密堆积从而形成的一种力，以维持DNA的结构.而疏水作用则和分子本身水分子之间的一种力的关系。