1、生物种类不同。桂圆亦称龙眼，是无患子科植物的果实。莲子为睡莲科植物莲干燥成熟的种子。

2、生活环境不同。桂圆是陆生植物，莲为水生植物。

3、食用部位不同。桂圆，果肉鲜甜，是主要食用部分莲子种子的子叶贮藏有丰富的营养成分，是食用的主要部分。