国企在编不在岗的处理规定是，事业单位在编职工辞职按照全民所有制事业单位专业技术人员，和管理人员辞职暂行规定等相关规定办理。具体流程如下：

1、在编职工向所在单位或主管部门提出辞职书面申请，所在单位或主管部门收到辞职书面申请后，一般应在三个月内，给予书面批复，对批复同意的发给辞职者本人辞职证明书

2、用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。