职能不同。卫生站是医疗机构，以治病看病为主。保健院是健康保健咨询，以生长发育健康养生咨询为主。

单位类别不同。卫生站是国家设立的医疗行政单位。保健所是各种医疗保健机构开的。

性质不一样。卫生站是检查治疗疾病。保健所是检查预防评估等辅助。