从广义上来说，分子育种可以分成两个方面，一个是分子标记辅助育种，二就是转基因。

后者可谓是个“雷区”，因此不少科学家们转而专注于分子标记辅助育种，这种育种方式现在流行的名称为基因组分子育种，相比于传统育种技术，这种分子育种技术选择更准确、更高效，可使育种周期大大缩短，且成本降低

分子育种和转基因区别

分子育种——将分子生物学技术应用于育种中，在分子水平上进行育种。通常包括：分子标记辅助育种和遗传修饰育种（转基因育种）。

转基因育种——就是将基因工程应用于育种工作中，通过基因导入，从而培育出一定要求的新品种的育种方法。