主要区别有二：第一技术岗位有所不同。副教授是高等学校教师专业技术职称，主要工作任务是教学，必须给大学生（或者党校学员）研究生上课，研究员主要工作任务是在对应的专业领域开展科学研究。

第二，专业技术职级高低有所不同，副教授是副高级职称，对应技术职称岗位5、6、7三档，研究员是正高级职称，对应技术职称岗位1、2、3、4四档。