农合门槛费即起付线，即患者住院费用中超过起付线的部分才给予销，如乡级卫生院一般100—200元，县级医疗机构300—500元，市级医疗机构800—1500元，省级医疗机构2000元以上等。

因地区不一样，其起付线设定的标准不一样，如乡镇卫生院有的地方是100元，有的地方是200元，报销时合理费用减去起付线乘于报销比例，即为患者报销得到的钱。