有影响的。养殖水体水变成砖红色、黑褐色、酱油色的原因，一般是水中有大量的原生动物、裸藻、鞭毛藻（甲藻和金藻）等赤潮生物的繁殖造成的。

有些鞭毛藻会分泌毒素，使水中的虾蟹鱼等中毒死亡，要加强解毒、改底，以鞭毛藻为主的池塘容易缺氧底质更容易发臭，还要加强增氧。