正常情况下，杀菌灯一般的建议使用时长是1.5—3小时，配合定时开关可以完美控制时长。遇到一些特殊的情况，例如水体“暴菌发白”、“绿水”等可以适当延长使用时间，以达到水体净化的效果。

有些鱼友杀菌灯是常年不关，天天开着，以为对水体更好好处，其实这样做不仅会缩短杀菌灯的使用寿命，浪费电，还会消灭很多有益菌群。杀菌灯杀菌是无差别的，它并不会分别细菌是有益还是有害，只要在它的能力范围内，统统消灭。