动物防疫合格证编号在防疫系统的APP里面查询。

办理流程：1、当事人要带证明材料，到县级以上地方人民政府兽医主管部门提出申请2、受理申请的兽医主管部门按行政许可法进行审查3、经审查合格的，发给动物防疫条件合格证。不合格的，应当通知申请人并说明理由4、要办工商登记的，申请人凭动物防疫条件合格证，向工商行政管理部门申请登记注册。