酶解是用酶作为催化剂分解物质。 发酵是菌产生代谢产物分解或合成另一种物质。

反应底物有着本质的不同。酶解，主要是通过酶来催化反应底物使其分解。目前常用的酶大部分是蛋白质，还有一部分是RNA。可以理解为酶解是死物与底物之间的反应。

发酵就比较复杂了，它是通过微生物的生命活动对反应底物进行作用的。这个反应涉及方面很多，比如微生物也可以产酶，对底物进行分解，这时候这个反应里就包括酶解了，还有其他方面，微生物的呼吸作用什么的。

发酵更为复杂，因为它是活物与底物之间的反应。涉方面也更多。