妨害纠纷案是指当事人的行为娇害到了其他人的合法权益而引起的纠纷。比如相邻关系中甲的院子原来可以顺畅的流雨水，乙盖房子后做成甲的院子水流不出去了，由此引起双方纠纷。

再比如甲住二楼，一楼原为商铺，乙租用后，开了饭店，饭店的油烟机每天响到11点，影响假的休息，由此引发的纠纷等等。