有区别。

1、颜色：褐藻和绿藻首要的区别就是它们的颜色。通常褐藻是褐色的，绿藻是绿色的。但这种情况也有例外，如果褐藻在光照充足的环境中，它的颜色就会变成绿色，不过绿藻通常不会变色。

2、生长环境：褐藻和绿藻的生长环境也不一样。虽然它们都在水中，但水质有很大的差别。在氨氮含量较高的水体中，褐藻可以生长，一旦氨氮被硝化细菌转化，褐藻就会消亡。而绿藻更适合在氨氮较少，硝酸盐含量高的地方生存。