可以配用。甲基硫菌灵一般能与吡唑醚菌酯、代森联、甲霜灵、克百威、嘧菌酯等药剂进行复配。

但不能与碱性以及无机铜制剂混用，而且不能长期与同一种药物混用，也不能在同一种作物上长期单一使用甲基硫菌灵，避免产生抗性。甲基硫菌灵需要与其他药剂合理轮用，未使用时需要把它储存在阴凉干燥的地方。