巴拿马地近赤道，属热带海洋性气候。东部和中北部地区因受东北季风的影响，气候高温潮湿西部和西南部地区面临太平洋，降雨量多，湿度亦高。大西洋沿岸及山地年平均降雨量为1500～3500毫米，太平洋沿岸及山地年平均降水量为1500～2000毫米。全国年平均湿度为80％。一年之中大致可分为旱、雨两季：旱季是1～3月，雨量相对少雨季是4～12月，常有倾盆大雨。沿海地区年平均气温27℃。