香水柠檬在其长到20厘米高的时候打顶，将其顶部幼芽剪去3-5厘米左右，以便于控制其高度，使得其能够萌发出更多的侧芽，但要注意不能在极端温度中打顶，且幼苗长成成株之后，每年春季都要重新进行打顶修剪。

在为香水柠檬进行打顶的时候，要选择使用专用的修剪用工具，或是一把足够锋利的剪刀，这样留下的伤口会比较平整，愈合起来比较快，修剪的时候将植株的顶部剪去3-5厘米左右即可，主要要留下8片左右的叶片，不能全部剪去。