是的，虽然南京明基医院属于民办医院，但是医保是可以用的。属于南京市城镇职工、居民医疗保险定点医院，以及南京市工伤保险、生育保险定点医院和南京市企业离休干部医疗费统筹定点医院。所以有南京医保的可以放心去这个医院看病。