二者的主要区别如下：

第一、 二者的科属种类不一样：文旦柚是芸香科常绿乔木的果实而葡萄柚是芸香科柑橘属的小乔木的果实。

第二、 二者的外观大小不一样：其中文旦柚是扁球形或梨形，最重者可达3公斤，果皮光滑，绿色或淡黄色葡萄柚则是扁圆至圆球形，小，果皮也较薄，果心充实，绵质。挂果时与文旦柚不一样，其果实密集，呈簇生状，似葡萄成串垂吊

第三、 二者的肉质口味不一样：其中文旦柚果皮薄，肉质细，果肉多汁，糖酸比适当，极适合于国人口味。而葡萄柚则柔嫩，多汁，爽口，略有香气，味偏酸，个别品种兼有苦及麻舌味。