扬子鳄生物学上属于短吻鳄属，现存的物种只有两个：中国的扬子鳄和美国的密西西比短吻鳄。也就是说，短吻鳄只存在于中国和美国。顾名思义，短吻鳄的嘴巴短一点，不过很难看出来，更容易的区分方法是短吻鳄的嘴巴比较方，呈U型。

而长吻鳄一般特属鳄科，包括十余个物种，分布在世界各地。它们与短吻鳄的区别在于嘴巴比较尖，呈V型。