1、大小不同

短吻鳄和扬子鳄的大小相比，一般短吻鳄要比扬子鳄大很多。

2、嘴巴形状不同

短吻鳄的嘴巴部宽而圆厚，呈“U”型，而且鼻子大而扬子鳄的嘴巴比较狭长而且更加薄，呈“V”型，鼻子比较小。同时，短吻鳄的嘴巴比扬子鳄的嘴巴短。

3、牙齿位置不同

短吻鳄下腭长有四颗牙，而扬子鳄的牙会一直长到上面。