南山寺面积约800平方米，面阔5间，进深5间，重檐歇山顶，弘一法师手书“妙相庄严”匾额悬于殿堂之上。殿中佛坛上雕塑三尊盘膝跌坐金身，并塑阿难、迦叶两尊者站立两旁。正中供奉“三宝佛”（稀迦牟尼佛、阿弥陀佛、地方药师佛），高一丈六尺，是宋代修建寺院时重塑的。