主要区别：种类不同，珊瑚是珊瑚科，属于腔肠动物。而水母是钵水母纲十字水母纲立方水母纲动物。

珊瑚属腔肠动物门珊瑚虫纲是腔肠动物门中最大的一个纲，有7000多种，均为海产．珊瑚虫纲又分为八放珊瑚亚纲及六放珊瑚亚纲．根据骨骼质地和水螅体大小，珊瑚一般分为大水螅体石珊瑚 、小水螅体石珊瑚、软珊瑚以及海葵等几种类型．珊瑚礁生态系统也被称为水下“热带雨林”。