清溪镇的共有3个饮用水水源一级保护区：三坑水库饮用水水源保护区、茅輋水库饮用水水源保护区和契爷石水库饮用水水源保护区。

自2018年以来，清溪镇组织相关职能部门多次开展集中式饮用水水源地环境保护专项整治行动。期间，清溪镇召开饮用水水源一级保护区违法建设项目清理工作动员会，并下发《清溪镇饮用水水源一级保护区违法建设项目清理整治工作方案》《清溪饮用水水源一级保护区隔离防护工程实施方案》等。