巡控大队一般指的是公安局的巡特警。一般负责城区的巡逻和防控任务。属于市公安局大队级别的执法机构。警务站一般是巡特警或派出所下辖单位。主要负责辖区片区的所有公安管理工作。所以前者是公安局大队级别的执法机关。后者只是巡特警或公安派出所的下辖警务站。