翼龙不是鸟类祖先，原因主要有两点，一是翼龙的飞行方式和翅膀结构与鸟类不同，鸟类都是拍动长有飞羽的翅膀飞行，而翼龙则主要是依靠翼膜和趾骨来进行滑翔。

二是翼龙和鸟类的演化支不同，目前已知的最原始鸟类就是始祖鸟，属于蜥形纲下的蜥臀目，是一种小型有羽恐龙，而翼龙则是属于蜥形纲下的翼龙目。