公司调查员工是否吃回扣的情况，可以通过员工的相关账户以及相关客户的真实信息来进行调查，如果属实员工有吃回扣的行为，公司会该根据公司的条例，公司的原则来进行处罚，最高的处罚就是开除，政治追究其法律的责任，因此公司调查员工是回扣一般是了解其。