公司如果是合法经营并没有侵犯劳动者的权益，不存在怕劳动监察大队还是仲裁.如果公司的经营中违反劳动规定，损害劳动者权益员工可以向当地的劳监大队进行举报或反映情况，劳监大队可以上门了解情况，如果属实，可要求企业限时整改或进行相应的处罚。劳动仲裁是员工对自己的权益的一种诉讼程序，争取自己的劳动合法权益机构。