医保自主申报是指根据企业上年的平均工资作为基数申报，核定申报是核定的基数申报，一般只有企业不按时自主申报的时候，才会核定申报，核定申报时，会自动按上年基数上涨一定的比例，作为不自主申报的惩罚性措施，因每个地区的经济差异所以相关规定及数据也不相同。