公司扣了社保却只能查到医保，这是因为，公司扣除社保并且交费后，医保费会及时发放到个人的社保卡里，我们只要查询或是使用一下医保卡，就可以看到及时到帐的医保余额了。

而社保中的养老保险，工伤保险，生育和意外保险等等部分的交费，是进入个人的专门社保帐户，由社保部门的专门机构和工作人员进行管理的，也就是实行记帐式的管理办法，个人不便于查询。当然，如果需要，可以按照相应的程序到社保部门专门窗口进行。