代理记账会计在工作中会遇到很多困难，因为代理记账是负责很多家企业的税务申报，如果说客户配合，把发票盘银行单打好了，寄过来，如果说客户不配合，没有准备好这些材料，那么很难把这家公司的账做好，还有风险，代理记账会计在工作中会遇到很多困难，负责解决风险问题的。